四川砂岩文化石深层清洗不同于一般表面清洗。四川砂岩文化石需要清除已经深入石材表层微孔的污迹，通常称之为深层清洗。一般来讲，四川砂岩文化石深层清洗至少应包括以下三个步骤：
    1、清洗剂经过渗透过程进入四川砂岩文化石的微孔隙。
    2、通过吸出或稀释等步骤清除四川砂岩文化石残留物。
    3、清洗剂与四川砂岩文化石里的污染物分子发生物理的或化学的作用。
    这里1项和2项是完成四川砂岩文化石深层清洗的基本操作步骤， 而第3项，即能与污染物分子发生作用的清洗剂需要根据污染物的性质、四川砂岩文化石的材质以及处理过程的方便而精心设计。